中国中医科学院是国家中医药管理局直属的综合性科研机构，也是目前我国规模最大、学科齐全、设备先进、科研力量雄厚的中医药研究机构。中医药科学研究是中国中医科学院的中心任务。65年来，中国中医科学院始终站在中医药科学研究的最前沿，面向国家战略需求，围绕制约中医药发展的关键问题，按照国家中医药科技发展规划的总体部署，全面开展中医药科研工作。

建院初期至上世纪，全院科技人员在传承中医药传统理论、方法基础上，有效利用现代科技手段，在中医基础理论、中药研发、临床诊疗、针灸理论与实践、医史文献等学科领域进行了深入研究和探索，取得了一批优秀科技成果，有力地推动了中医药学术进步。

近年来，中国中医科学院按照“引领、攻坚、整合、转化”的科技工作思路，紧紧围绕创新型国家战略需求，有效整合院内外优势资源，率先开展了中药资源保护与利用、中医临床科研信息共享系统、重大疾病与传染病防治、重大新药创制关键技术及中药新药研发、中药安全性评价、中医药标准化和国际化、中医药古籍保护与利用等创新性研究工作，进一步提升了科技竞争力和综合服务能力。

截止2021年底，全院共获得各级科技奖励877项，其中国家科学技术奖54项，全国十大科技成就及全国科学大会奖18项。被誉为中药科学研究丰碑的青蒿素及双氢青蒿素研究，荣获1979年度国家发明二等奖，1992年全国十大科技成就奖。“血瘀证与活血化瘀研究”，荣获2003年度国家科技进步一等奖。2011年，屠呦呦终身研究员因为发现了治疗疟疾的药物青蒿素，荣获美国2011年度拉斯克-狄贝基临床医学研究奖，2015年10月，获得诺贝尔生理学或医学奖，成为中国中医科学院中医药科学研究史上的里程碑，2017年1月9日，荣获2016年度国家最高科学技术奖，也是继诺贝尔奖生理学或医学奖后，获得的中国科学界最高荣誉。